En el territorio que hoy ocupa el municipio de Mexicaltzingo existen parajes denominados Las Palmas y La Loma, antes Tecacaxtitla, en los que se encuentra cerámica perteneciente a la época teotihuacana. Hubo, también una estrecha relación entre Toluca y Tula.
Axayácatl, así como ordenó que se fundara Calixtlahuaca, hizo lo propio para que cierto número de familias mexicanas de los diferentes lugares del valle de México poblara el territorio de Toluca, fundándose así un gran número de asentamientos a los que los inmigrantes les dieron el nombre del lugar de donde procedían; surgieron así en los alrededores de Toluca, los de Huitzila, con gentes de Hutzilopochtli, Tlacopan, Atzcapotzaltonco, Capultitlán o Capulteopan; Chapultepec, Mexicaltzinco, Yancuitlapan, etc.
Mexicaltzinco fue fundado en el año Chiconahui ácatl (nueve caña), que corresponde a 1475 de nuestro calendario, con gente de un pueblo cercano a Ixtapalapa. Esta nueva localidad dispersa, de ascendencia azteca, se estableció en los terrenos que actualmente ocupa la cabecera del municipio de Mexicaltzingo.
En la conquista de una manera despiadada fue sometido Mexicaltzinco, al cual se le destruyó su teocalli, se dispersó a su población y se dejaron abandonadas las tierras. Algunos mexicaltzinguenses volvieron a reunirse alrededor de 1527 en el pueblo al que los españoles pusieron por nombre San Mateo y que los indígenas llamaron Xan Mateuhtzin Mexicaltzinco. En 1534, según el Códice Techialoyan, el pueblo San Mateo Mexicaltzingo estaba bajo la jurisdicción de San Antonio la Isla, los linderos que lo delimitaban fueron Tejocotitlán, Huitzaquipa y Huapalcalco, aunque también se puede considerar a Tecuanitla.
En 1560 San Mateo Mexicaltzingo quedó dentro de los «términos» como pueblo estancia de Calimaya, que era la cabecera donde gobernaba un tlatoani, lo que significaba que estaba organizado en tlaxilacalli o calpulli, que además tenía jefe local subordinado al jefe de cabecera y sus habitantes estaban obligados a pagar tributo y servicios a los funcionarios de ésta. En esa época residían 1,108 habitantes.
El 15 de noviembre de 1603, el virrey Marqués de Montes Claros dispuso que el pueblo de San Mateo Mexicaltzingo se congregara junto con los pueblos de Santa María Concepción, San Bartolomé, San Miguel Chapultepec y San Andrés Ocotlán en San Antonio Otompa, anteriormente Techialoyan. Orden que no se cumplió y se les dotó de solares suficientes para la manutención de los indios y se disponía que un religioso del convento de Calimaya administrara y diera doctrina a los indios.
En el siglo XVIII San Mateo Mexicaltzingo tuvo problemas por la posesión del terreno llamado «El Potrero», que fue reclamado en diferentes ocasiones por el pueblo de Chapultepec y la Condesa de Santiago Calimaya, que además era Marquesa de Salvatierra; no obstante, el 17 de octubre de 1719, se le dio a San Mateo Mexicaltzingo el título de propiedad de tal terreno.
El 29 de octubre de 1810, el ejército insurgente, al frente de Hidalgo y Allende, llega a Mexicaltzingo y a Chapultepec.
La tradición oral en esta comunidad dice que Vicente Guerrero, después de una azarosa travesía por el Valle de Toluca, pernoctó en la fiscalía de la parroquia de San Mateo, siendo perseguido por Agustín de Iturbide. Al llegar a Mexicaltzingo, Iturbide se enteró de lo sucedido, por lo que decidió colgar a los principales del pueblo por haber apoyado a Guerrero.
En 1820 «el alcalde y demás que comprenden el ayuntamiento y todos los vecinos del pueblo de San Mateo Mexicalcingo… decimos: que de tiempo inmemorial nuestro pueblo siempre fue una parroquia o curato de reverendos franciscanos y quitado el convento se puso al pueblo una vicaría de pie fijo…» Esto fue referido a las autoridades eclesiásticas del Arzobispado de México, después de varias diligencias determinó hasta el 28 de julio de 1823 que «estando calificadas las causas de necesidad y utilidad que resulta a los vecinos… erigimos en vicaría de pie fijo el referido pueblo de San Mateo Mexicalcingo la cual ha de comprender los pueblos de San Andrés Ocotlán, Concepción y Chapultepec».
El 15 de agosto de 1827, el gobernador Lorenzo de Zavala da posesión y adjudicación de El Llano de Mexicaltzingo a este pueblo, ejecutándose esta acción por el juez de Tenango, Lic. Agustín Azoños.
En 1869 el licenciado Mariano Riva Palacio, gobernador del Estado de México, firmó el 8 de octubre de ese año el decreto 140 en el que la Legislatura Local el día anterior aprobó que Mexicalcingo se convirtiera en municipio; los diputados que firmaron el decreto fueron: Manuel Alas, presidente; Manuel Borja y Pedro Navarro, secretarios. También Chapultepec se erige como municipio en el mismo decreto.
El 30 de octubre del mismo año, el jefe político de Tenango del Valle, Juan Gómez Guzmán, instaló a las autoridades municipales. En esa ocasión, el pueblo reunido escuchó un emotivo discurso del Lic. Prisciliano María Díaz González, abogado del pueblo; entre los asistentes estaba el vicario del pueblo, el señor Gil Tenorio, el presidente municipal de Calimaya, el señor Francisco Zetina y algunos integrantes del ayuntamiento de Calimaya y acompañantes del jefe político; posteriormente, las autoridades recién electas pasaron a la casa consistorial, que a partir de esa fecha fue palacio municipal, a tomar cargo del poder y los objetos que se encontraban, además de las comunidades y del Rancho San Cristóbal, propiedades del pueblo.
En 1891 El Llano es fraccionado en 385 lotes, puesto que el Lic. Benito Juárez en 1868 y el gobierno del Estado en 1891, habían declarado el terreno como ejido y según las leyes de la época, estos terrenos cedidos a los pueblos indígenas desde los tiempos de la Colonia, debían ser utilizados por los pobladores para evitar la enajenación, según lo establecido en las Leyes de Reforma, por medio de las compañías deslindadoras en beneficio de particulares.
El ayuntamiento pagaba la beca al alumno municipal para que asistiera al Instituto Literario de Toluca. En 1896 estaba becado Cristóbal Olmedo, el que posteriormente sería un profesor destacado, tanto en esta comunidad como en otras del Estado de México, entre otras actividades se dedicó a la investigación histórica.
Para propiciar el desarrollo del campo, se construyó el ferrocarril Toluca-Atlatlauhca, beneficiando a Mexicaltzingo, ya que le permitía transportar sus productos agrícolas y lácteos, para su venta a otros lugares de la comarca.
El pueblo de Mexicaltzingo no tuvo una participación significativa durante el proceso de la Revolución mexicana, la vida siguió su curso normal, excepto en la etapa de los zapatistas y carrancistas ya que fue asaltado constantemente por estas facciones. Sin embargo, no se puede dejar de lado la participación de algunas personas inconformes con la opresión y que lucharon por el cambio; algunos de ellos nunca regresaron, ni se supo nada. Se puede mencionar entre ellos a Agapito Sosa, Honorio Jiménez, Pascual Aldama, el mayor José Balula así como otros mexicaltzinguenses que dieron su sangre por lograr un México más justo.
Durante este periodo el Sr. Gabino A. Roldán era administrador de una hacienda en Cuernavaca, por lo que contrataba gente que fuera a trabajar en los ingenios de azúcar. En esos lugares conoció a Emiliano Zapata, quien tuvo contacto con la gente de Mexicaltzingo; Roldán apoyaba la causa que postulaba este rebelde suriano.
El problema sobre la posesión de El Llano seguía latente. En 1913 se firmó un convenio por 99 años para que la sociedad agrícola siguiera administrando las utilidades de El Llano y además pagara los respectivos impuestos al ayuntamiento.
Los ayuntamientos se sucedían en forma pacífica, suscitándose un incidente hasta 1914, año en que fue depuesto el presidente municipal electo y se nombró una Junta Municipal por orden de Francisco Murguía, el entonces gobernador y comandante político carrancista.
En los meses de mayo y junio de 1915, San Miguel Chapultepec invadió el Rancho San Cristóbal con el pretexto de que Zapata les ordenó tomar las tierras que les pertenecían. Pero el entonces gobernador interno Gustavo Baz ordenó se le devolviera a Mexicaltzingo sus tierras.
En 1920 a instancias de Gabino A. Roldán y Felipe Estrada, se hicieron las gestiones ante las autoridades agrarias logrando que los terrenos de labor del Rancho San Cristóbal se convirtieran en ejido, por lo que se fraccionó en 600 parcelas de un cuarto de hectárea cada una, beneficiando a un número igual de campesinos jefes de familia.
En la década de los cuarenta se inicia la construcción de la carretera que daría mayor comunicación a la población. A principios de la década de los cincuenta empiezan a aparecer en el municipio automóviles y aparatos eléctricos, principalmente la radio, puesto que ya se contaba con energía eléctrica.
Para apoyar la educación, el edificio de la escuela primaria, construido en 1922, fue reacondicionado en 1952, convirtiéndose en escuela mixta federal. Los pocos jóvenes que terminaban la primaria continuaban sus estudios superiores en Toluca. En 1966 se iniciaron las gestiones para construir un edificio más amplio para la primaria. Dicho proyecto fue aprobado por el gobierno del estado. El edificio se construyó en «El Potrero» y se inauguró en 1970.
Durante 1970-1972 se terminó de introducir el agua potable y el drenaje en la cabecera municipal, con la participación de toda la comunidad y la ayuda gubernamental. También se empezó la remodelación y acondicionamiento de la Plaza Hidalgo, junto con la ampliación del alumbrado público. De 1973 a 1975 se remodeló parte de la calle Independencia y se hizo la carretera Mexicaltzingo-Santiago-Tianguistenco.
Durante 1976 a 1978 se edificó el mercado 16 de septiembre, se terminó el edificio del jardín de niños, la telesecundaria y el pavimentado de las calles Independencia y Morelos. En el periodo 1979-1981 se creó la biblioteca municipal, el jardín de niños Nentambati, y se inició también la secundaria estatal, así como de su edificio.
De 1982 a 1984 se inauguró la nueva sección del palacio municipal, la terminación de la secundaria estatal, otro módulo de la telesecundaria, se iniciaron las labores del jardín de niños Teceltican, el acondicionamiento del alumbrado público con luz fluorescente y otras obras más.
Durante el periodo de gobierno municipal 1985-1987 se creó la escuela primaria estatal Axayácatl, se terminó la construcción del edificio del jardín de niños Teceltican, se estableció en el palacio municipal la biblioteca pública «Lorenzo Camacho Escamilla», se encementaron varias calles, se amplió la red de agua potable y drenaje, así como el alumbrado público.
En el periodo 1988-1990 se estableció la escuela preparatoria estatal, se remodeló el edificio de la ex-estación del ferrocarril y se instaló la casa de cultura. Se construyeron el jardín público Benito Juárez, un tecalli de vigilancia, los edificios del jardín de niños Nentambati y de la escuela primaria Axayácatl. Se dio mantenimiento a los edificios públicos y se amplio la cobertura de los servicios públicos de alumbrado, agua potable, drenaje y alcantarillado, además de pavimentar varias calles de la cabecera municipal.
Entre 1991 a 1993, se continuó con las obras públicas como la Guardería Infantil Conetzin, el encementado de calles y otras acciones más; sin embargo, por conflictos internos del ayuntamiento se depuso al presidente municipal, sustituyéndolo por el primer regidor.
Entre 1994 a 1996 la administración pública municipal se abocó a la solución de los problemas ecológicos y de salud, se instalaron trampas de grasa en los obradores de chicharrón, se puso en funcionamiento una presa de gavión para captar las aguas broncas del Nevado de Toluca, se abrió al público la Clínica Municipal, entre otras acciones.
La iglesia convertida en parroquia, contó con apoyo en la atención a los feligreses, gracias a la erección posterior de capillas; es probable que en un principio las edificaciones estuvieran hechas con techos de paja en cada uno de los barrios y en ciertos pueblos, sumando once en total; buenos ejemplos de ello son San Nicolás Tolentino y Jesús María en el actual pueblo de San Nicolás.
Por otro lado, la hacienda de Jalmolonga fue la más importante de la región de Malinalco, formó parte de la Encomienda otorgada a Cristóbal Rodríguez en los años inmediatos a la conquista; la historia se precisa cuando los jesuitas penetran en el territorio al adquirir lo que ya era ingenio o trapiche de Jalmolonga; la actividad azucarera ampliamente redituable devino en uno de los muchos quehaceres que los jesuitas usufructuaron en el beneficio del sustento de su colegio capitalino de San Pedro y de San Pablo, ya que el trapiche de Jalmolonga se unían otras haciendas en el actual estado de Morelos como la de Cuauhtla; el esfuerzo de estos clérigos fue apoyado por la Corona con tierras y donaciones en efectivo.
La expulsión de los jesuitas trajo trastornos para la región; a pesar de que la Corona se encargó de atender a los bienes que daban sustento a los colegios eregidos por la orden, las nuevas situaciones obligaron a la Corona a liberar dichos bienes; ésto se llevó a cabo por decreto de Carlos III; sin embargo, esta hacienda no dejó su productividad al olvido siendo la misma en 1775, año en que fue adquirida por el conde de Regla, Manuel Romero de Terreros.
Por otra parte, la evangelización de Ocuilan al igual que la de Chalma estuvo a cargo de los frailes agustinos; se sabe que el lugar de la aparición de Chalma fue precisamente el centro del peregrinaje donde se rendía culto a Oztoteotl y que según el historiador Romero Quiroz se trataba de un Santuario dedicado a Tezcatlipoca y sitio de sacrificios humanos; también se menciona que en conocimiento de los agustinos la continuidad de estas prácticas probablemente obligó en 1573, a Fray Nicolás de Perea y Fray Sebastián de Tolentino, por medio de rezos y prédicas, a configurar el milagro.
Los primeros habitantes del santuario fueron dos hermitaños: Bartolomé de Jesús María, quien radicó en este sitio en 1623, al que más adelante lo acompañó Fray Juan de San José, ambos edificaron una pequeña capilla. Estos eremitas, entre oraciones y penitencias atrajeron poco a poco a los peregrinos; los santos varones iniciaron la construcción de un pequeño convento que siguió bajo el cuidado de los agustinos. Se debe recalcar que al Santo Cristo de Chalma se le rindió culto en la cueva de aparición durante más de un siglo y que parte del templo actual ocupa el sitio de la iglesia inicial cuya edificación se concluyó en 1683.
Para los tiempos de la Independencia es necesario mencionar la estancia de Don José María Morelos y Pavón en Malinalco el 8 de enero de 1813; en esta localidad firmó un documento, el cual según Javier Romero Quiroz, « es considerado como una histórica constancia de su conocimiento de las Leyes Indias, inspiradoras en gran parte de sus convicciones agrarias»; dicho documento «ordena que se devuelva a México una carta del cabildo eclesiástico en la que éste pedía donativos para ayudar en la guerra peninsular contra los franceses».
Al organizarse México como nación independiente, Malinalco, que durante la Colonia fue alcaldía mayor, se convirtió en partido y fue dotado de un ayuntamiento. En una Memoria presentada el 26 de marzo de 1834, por el gobernador del Estado de México se presentó a la Legislatura local un informe completo de la situación en que se hallaba la industría agrícola, fabril y mercantil.
Después de la guerra de Reforma que puso fin al gobierno conservador y llevó al poder a Benito Juárez, los jefes reaccionarios y gavillas siguieron peleando durante los primeros meses de 1861; como refugio tenían las montañas de Ocuilan y Malinalco. Con la aplicación de las leyes de Reforma, los edificios, propiedades eclesiásticas y demás pasaron a manos del estado; en toda la república se aplicó la ley de desamortización de bienes eclesiásticos y en Malinalco, los conventos agustinos continuaron funcionando a la comunidad, pero su dueño era, sin duda, el estado.
Durante la Revolución, por la proximidad de Malinalco con el estado de Morelos tuvo que ser participe de los embates revolucionarios y se unió al bando zapatista. Los de Malinalco al tener descontentos con el gobierno de Porfirio Díaz y el del gobernador del Estado de México, Fernando González, el cual seguía la misma línea del primero, vieron la forma de rebelarse cuando las fuerzas de Emiliano Zapata irrumpieron en la zona, el 10 de abril de 1912, según Gómez Brito, antiguo cronista de Malinalco; tal vez, hay un error en el año, pues Antonio Gutiérrez dice que la llegada de los zapatistas a Malinalco fue en ese mes,pero en 1911.
Los malinalquenses se pusieron a las órdenes del general de división Genovevo de la O; por otra parte, se dice que el joven médico Gustavo Baz Prada tomó parte en la toma de Malinalco por los zapatistas, todo ello se encuentra explicado en el libro de Gómez Brito, Síntesis histórica de Malinalco. En 1913, tanto zapatistas como carrancistas se disputaron el control de la zona, el 23 de abril de ese año se informó que había «una gran cantidad de rebeldes y que sus avanzadas llegan hasta cuatro kms. de la hacienda de la Tenería».
Durante el periodo de Victoriano Huerta, Malinalco permaneció leal a las fuerzas zapatistas. El gobierno trató de erradicar los brotes revolucionarios y recomendó a los hacendados comprar armas para defenderse, sin embargo la respuesta fue nula, ya que temían a los revolucionarios.